Pada tahun 1412 H. (2000 M.) DR. (HC) Habib Syech bin Ali Al Jufri yang wafat pada tanggal 28 Oktober 2010, mendirikan Pondok Pesantren Daarul Fudlola yang diresmikan oleh mantan Wakil Presiden RI. DR. Hamzah Haz dan juga dihadiri oleh ulama dari dalam dan luar negeri diantaranya Al Habib Salim Bin Abdullah Assyatiri (Hadramaut, Yaman) dan Al Habib Zein Bin Ibrahim Bin Smith (Madinah) Media yang digunakan sebagai wujud kepedulian beliau adalah lembaga pendidikan, dakwah dan sosial.
Pondok Pesantren Daarul Fudlola adalah salah satu unit Yayasan Daarul Fudlola yang bergerak di bidang pendidikan Pondok Pesantren, untuk membantu mewujudkan visi dan misi yayasan.
